Nástroje

Na podporu implementace otevřené vědy a jejích jednotlivých komponent existuje celá řada nástrojů. Níže je uveden přehled stěžejních z nich, rozdělených podle oblasti jejich použití. Na podporu Open Access slouží nástroje pro ověření politik OA, OA publikování a vyhledávání OA zdrojů. S výběrem vhodného repozitáře pro data či publikace vám pomůže přehled repozitářů. Ke správnému nakládání s výzkumnými daty lze využít některý z nástrojů pro správu výzkumných dat. Z dalších užitečných nástrojů na podporu Open Science jsou uvedeny nástroje na výběr licence, Open Source, platformy otevřených metod, platformy pro předregistrace, otevřené laboratorní deníky, crowdfundingové platformy a další nástroje pro podporu výzkumu.

Ověření politik otevřeného přístupu

  • Open policy finder: databáze aktuálních informací týkajících se politik otevřeného přístupu poskytovatelů, časopisů a vydavatelství, dříve Sherpa Services sdružující původně oddělené služby Sherpa Romeo, Sherpa Juliet a Sherpa Fact
  • ROARMAP (Registry of Open Access Repositories Mandatory Archiving Policies): poskytuje souhrnné informace o vnitřní politice univerzit, výzkumných institucí a poskytovatelů a jejich požadavky na OA publikování
  • Journal Checker Tool: nástroj pro identifikaci otevřeného časopisu s ohledem na podmínky poskytovatelů financí

Repozitáře

Open Access publikování

  • QOAM (Quality Open Access Market): databáze OA časopisů, která na základě zkušeností autorů přiděluje časopisům skóre pro hodnocení integrity a kvality publikační služby časopisu
  • Vím, kde publikuji: portál pro pomoc při prověřování časopisů, který spravuje Ústřední knihovna VUT v Brně ve spolupráci s AKVŠ ČR; jedná se o volný překlad původní kampaně Think.Check.Submit
  • ORE (Open Research Europe): publikační platforma Evropské komise indexovaná v databázi Scopus s otevřeným přístupem pro zveřejňování výsledků projektů financovaných EU (Horizon 2020, Horizon Europe) ve všech vědních oborech, více zde
  • SPARC Author Addendum: vzor dodatku k licenční smlouvě, pomocí kterého si autor může zajistit výjimku pro autoarchivaci publikovaného článku
  • Dissemin: nástroj na podporu tzv. zelené cesty vyhledávající placené články a nabízející autorům pomoc s jejich otevřením v repozitáři
  • HOAD (Hybrid Open Access Dashboard): nástroj sledující otevřenost hybridních časopisů v transformačních smlouvách

Vyhledávání OA zdrojů

  • CORE: největší světová multioborová sbírka Open Access výzkumných prací získávaných z OA repozitářů a OA časopisů a poskytující přístup k plnému textu a metadatům
  • DOAB (Directory of Open Access Books): databáze OA e-knih s odkazy na plné texty na stránkách vydavatele nebo v jiném úložišti
  • DOAJ (Directory of Open Access Journals): databáze OA časopisů; velkou část titulů lze prohledávat na úrovni samotných článků
  • OAISTER: vyhledávač digitálních zdrojů z otevřených archivních sbírek od více než 1100 přispěvatelů z celého světa; vedle textových dokumentů jsou zde indexovány i audio nahrávky, obrázky nebo filmy
  • OAPEN (Open Access Publishing in European Networks): OA recenzované knihy.
  • Open Access Button: online nástroj pro vyhledávání článků v plném textu; v případě, že není článek volně dostupný, aplikace o něj zažádá autora; možné využít také plugin pro Google Chrome; OAButton je součástí OA.Works nabízejících další nástroje na podporu OA publikování
  • Paperity: multidisciplinární agregátor Open Access časopisů a článků
  • ROAD (Directory of Open Access scholarly Resources): služba nabízená Mezinárodním centrem ISSN s podporou Komunikačního a informačního sektoru UNESCO poskytuje bezplatný přístup k vědeckým OA zdrojům, kterým bylo přiděleno ISSN (časopisy, knižní série, sborníky, repozitáře, webové stránky apod.)
  • Unpaywall: otevřená databáze více než 50 milionů volně dostupných vědeckých článků

Správa výzkumných dat 

  • Data Stewardship Wizard: nástroj pro tvorbu DMP, původně vytvořen na ČVUT a následně podporován mimo jiné výzkumnou infrastrukturou ELIXIR CZ a MŠMT
  • ARGOS: nástroj pro tvorbu DMP, propojen s ORCID, službami OpenAIRE a repozitářem Zenodo, prostřednictvím kterého je DMP možné snadno publikovat a získat tak pro něj DOI
  • DMPonline: nástroj pro tvorbu DMP, obsahuje velké množství veřejných DMP a šablon pro popis dat, z nichž některé odpovídají požadavkům poskytovatelů financí (např. Horizon Europe)
  • DMPTool: nástroj pro tvorbu DMP
  • EUDAT: služby pro vyhledávání a správu dat
  • FAIR Data Self Assessment Tool: nástroj pro sebehodnocení dat k posouzení toho, jak FAIR jsou vaše výzkumná data, plus praktické tipy, jak je zlepšit
  • Jak FAIR jsou vaše výzkumná data?: checklist dostupný v češtině pro kontrolu, jak vaše výzkumná data odpovídají FAIR principům
  • FAIRsharing: databáze standardů na podporu FAIR principů
  • Amnesia: nástroj pro anonymizaci dat, aby splňovala směrnice GDPR, více zde
  • Velké výzkumné infrastruktury: přehled dostupných tzv. velkých výzkumných infrastruktur v ČR

Výběr licence

Open Source

  • GitHub: vývojová platforma pro hostování a kontrolu kódu, správu projektů a vytváření softwaru
  • Savannah: registr bezplatných projektů, které běží na bezplatných operačních systémech, se zaměřením na software GNU
  • SourceForge: open source hostitelská platforma s otevřeným kódem
  • Launchpad: platforma pro spolupráci a hostování softwaru

Platformy otevřených metod

  • protocols.io: platforma pro správu dat, vývoj, sdílení a diskuzi o metodách a protokolech
  • Protocol Exchange: otevřené úložiště od Nature Portfolio pro sdílení protokolů vědeckého výzkumu; protokoly zveřejňují autoři přímo na tzv. burze protokolů a jsou volně k dispozici vědecké komunitě k použití a připomínkování
  • Lab Protocols and Study Protocols: jedná se o spolupráci mezi PLOS ONE a protocols.io, která nabízí autorům možnost sdílet své laboratorní a studijní protokoly; studijní protokoly popisují podrobné plány a návrhy výzkumných projektů, které ještě nepřinesly výsledky; skládají se z jednoho článku v PLOS ONE a protokolu zveřejněného na webu protocols.io
  • STAR Protocols: otevřený recenzovaný protokolový časopis vydavatelství Cell Press, který zveřejňuje popsané experimentální a výpočetní protokoly ze všech oblastí věd o životě, zdraví, zemi a fyziky

Platformy pro předregistrace

  • Open Science Framework Preregistrations (OSF): online platforma, která umožňuje výzkumným pracovníkům transparentně plánovat, shromažďovat, analyzovat a sdílet svou práci v průběhu celého životního cyklu výzkumu; výzkumníci mohou své výzkumné metody kdykoli zaregistrovat nebo se před sběrem dat či analýzou v OSF předběžně zaregistrovat
  • AsPredicted: platforma, která výzkumníkům usnadňuje předběžnou registraci studií a ostatním usnadňuje čtení a hodnocení těchto předběžných registrací
  • PreclinicalTrials.eu: mezinárodní registr protokolů preklinických studií

Otevřené laboratorní deníky

  • Jupyter Notebook: neziskový projekt s otevřeným zdrojovým kódem k podpoře interaktivní datové vědy a vědeckých výpočtů ve všech programovacích jazycích; Jupyter bude vždy 100% open-source softwarem, volně k použití, licencován za podmínek modifikované licence BSD; vyvíjen otevřeně na GitHubu
  • Open Neuroscience: databáze otevřených projektů, obor: neurovědy
  • OpenLabNotebooks: platforma poskytující obecné informace o tom, jak organizovat své poznámky a usnadňují online prostředí, kde je možné veřejně sdílet laboratorní zápisník; možnost vyhledávání podle laboratoří, osob, projektu, nemocí
  • Open WetWare: platforma poskytující obecné informace o tom, jak organizovat své poznámky a usnadňují online prostředí, kde je možné veřejně sdílet laboratorní zápisník; obor: biologie a biologické inženýrství

Crowdfundingové platformy

  • Experiment: největší světová otevřená online crowdfunding platforma pro financování vědeckého výzkumu a jeho sdílení
  • Consano: zaměřuje se na lékařský výzkum
  • wemakeit: významná crowdfunding platforma v Evropě dílem zahrnující i výzkum

Podpora výzkumu

  • OpenAIRE: projekt Evropské komise budující infrastrukturu podpory pro otevřený přístup k výsledkům vědeckých projektů financovaných z prostředků Evropské unie
  • Perzistentní identifikátory (PID): slouží pro jasnou a trvalou identifikaci autorů a k jejich propojení s publikacemi, výzkumnými daty a dalšími výstupy výzkumu; patří sem např. ORCID, ResearcherID (WoS) či Scopus Author ID
  • OSF (Open Science Framework): otevřená platforma na podporu výzkumu a umožnění spolupráce